في أيار/مايو 1997، حقق السيد محمد خاتمي، رجل الدين غير المعروف كثيراً، فوزاً ساحقاً في الانتخابات الرئاسية بنسبة 70%. ومن خلال إدارته برنامج الإصلاح والتحرير، فاز خاتمي بالدعم، وبخاصة من الشباب والنساء.
خلال فترتي ولايتيه كرئيس (2 آب/أغسطس 1997- 3 آب/أغسطس 2005) دعم السيد محمد خاتمي حرية التعبير والتسامح والمجتمع المدني و “الحوار بين الحضارات”، إضافة إلى العلاقات الدبلوماسية البناءة. وكان أتباعه الإصلاحيون معروفين عادةً باسم “تكتل الثاني من خرداد”، على اسم تاريخ أول انتخاب لخاتمي كرئيس حسب التقويم الإيراني.
في السنوات الأولى من توليه الرئاسة، تحسن وضع الحرية الاجتماعية وحرية التعبير والصحافة، غير أن سياسات خاتمي اصطدمت بعناصر أكثر تحفظاً في الحكومة الإيرانية. وعندما لم يتم إنجاز الإصلاحات التي وعد بها، خاب أمل الشعب وأصابه الإحباط. وفي حين اعتبر البعض أن خاتمي لم يكن له أية نيّة حقيقيّة بإصلاح إيران، وجد آخرون أنّه كان يفتقر إلى القوّة لتحقيق ذلك وأن عمله أُعيق من قبل العديد من العناصر المتشددين في المؤسسة الدينية.
بعد إغلاق صحيفة “سلام” الإصلاحية في تموز/يوليو 1999، تظاهر طلاب مناصرون للإصلاح في جامعة طهران. استمرت المظاهرات ستة أيام، اعتقلت خلالها قوات الأمن أكثر من 1000 طالب. وفي شباط/فبراير 2000، حصل الليبراليون ومناصرو خاتمي للمرة الأولى على أغلبية المقاعد في البرلمان (انتخابات المجلس السادس). كانت التوقعات فيما يتعلق بالإصلاحات عالية، لكنها لم تتحقق في النهاية. فبعد مرور شهر على الانتخابات، قامت السلطة القضائية المحافِظة بحظر 16 صحيفة إصلاحية واعتقال العديد من الصحفيين بعد اعتماد قانون الصحافة الجديد.
من خلال التشديد على “الحوار بين الحضارات”، سعى خاتمي إلى تحسين العلاقات التجارية والجغرافية السياسية مع أوروبا الغربية واليابان. في مطلع القرن الحادي والعشرين، حاولت إدارة خاتمي أيضاً إيجاد مصلحة مشتركة مع الولايات المتحدة، غير أن إدارة جورج بوش أعلنت إيران جزءً من “محور الشر” عام 2002. تدهورت العلاقات بشكل أكبر عام 2004 لأن المسؤولين في الولايات المتحدة كانوا على ثقة بأن إيران كانت تخطط لتطوير أسلحة نووية. وفي انتخابات عام 2004، استعاد المحافظون الحكم في البرلمان، واستُبعد الآلاف من المرشحين الإصلاحيين باعتبارهم غير مؤهلين من قبل مجلس صيانة الدستور.