نهاية الحرب وتدهور وضع الخميني الصحي تهديدات مباشرة على القيادة الإيرانية التي كانت شرعيتها مرتكزة بشكل كبير على قيادة آية الله الجذابة، وثارت معركة حادة على خلافة القائد بعد الحرب.
في الفترة الممتدة بين 1985 و 1988، دعم الخميني آية الله العظمى حسين علي منتظري كخليفة له، إلا أن انتقاد منتظري لانتهاك النظام بحقوق الإنسان وافتقاره إلى الديمقراطية أثار انزعاج الخميني. وفي آذار/مارس 1988، استقال منتظري بعدما أنّبه الخميني علانية على انتقاداته. فتم وضعه في الإقامة الجبرية إلى حين وفاته عام 2009. بعدها، بقيت مشكلة الخلافة عالقة إلى حين وفاة الخميني.
كانت وفاة آية الله في 3 حزيران/يونيو 1989 حدثاً محزناً بالنسبة إلى الكثيرين في البلاد. تم تجميد جثة الخميني لثلاثة أيام حتى يتسنى للشعب إلقاء النظرة الأخيرة عليه. ثم نُقل جثمانه إلى مثواه الأخير في مقبرة بهشتي زهراء (جنوب طهران) وسط ملايين المشيّعين. أصيب المئات بجروح، حتى إن البعض ماتوا بسبب الحشود الغفيرة.
في اليوم التالي للدفن، عين مجلس خبراء القيادة آية الله السيد علي خامنئي مرشداً أعلى للثورة. بدت مهمة خامنئي مستحيلة: أخذ مكان الإمام المحبوب. لم يكن خامنئي يتمتع لا بالمؤهلات الدينية ولا بالشخصيّة المحبّبة التي كان يتّصف بها الخميني. كان الخميني المرشد الأعلى والرجل الذي ألهم شعبه في سعيه إلى الشهادة. ومع أن خامنئي كان رئيساً لمدة ثماني سنوات، إلا أنه لم يكن شخصية شعبية بشكل خاص.
في أعقاب الحرب مع العراق، واجه النظام مشاكل عملية فيما يتعلق بكيفية حكم الدولة الجديدة على الصعيدين السياسي والاقتصادي.
وكانت النزاعات في القيادة تعود بشكل أساسي إلى أفكار الخميني المتضاربة فيما يتعلق بتشكيل الدولة وإدارتها. وفي حين اهتم الخميني إلى حد ما بجعل السلطة مؤسساتية، إلا أنه غالباً ما أظهر عدم اهتمامه بمسائل طبيعية مثل الاقتصاد، قائلاً إن “الثورة لم تقم لتحديد سعر البطيخ”. وبدلاً من ذلك، شدد الخميني على “اليقظة الروحية للدولة الإيرانية”.