في عام 1821، قاد إسماعيل باشا، قائد الجيش وأصغر أبناء الخديوي العثماني اسمياً في مصر، محمد علي، جيشاً إلى سنار (ينبغي عدم الخلط بينه وبين حفيد محمد علي إسماعيل باشا الذي أُعلن خديوي مصر في 1863). كان هدف الاحتلال في الدرجة الأولى السيطرة على موارد البلاد المادية والبشرية. وكان محمد علي مهتماً بالذهب والرقيق الذي ستوفره له السودان لبناء الدولة الحديثة التي كان يطمح لها في مصر.
تمّ إنجاز الاحتلال على مراحل، كان آخرها ضمّ بحر الغزال، ودارفور، والإقليم الاستوائي في الجنوب. بعد الاحتلال، دخلت البلاد حقبة جديدة، وتطوّرت من مجموعة من الأنظمة السياسية مع علاقات محدودة مع العالم الخارجي إلى كيان سياسي جديد وموحّد.
أثناء الحكم التركي-المصري للسودان، بدأت البلاد الاندماج في الأسواق والسياسات الاقليمية والدولية. وإلى حدٍّ ما، تمّ تحديث الإدارة، وتم إدخال محاصيل وأساليب زراعية جديدة، بالإضافة إلى توسيع التجارة الخارجية. كما تمّ خلال تلك الحقبة تدفق جماعات المستكشفين الأوروبيين في محاولةٍ للوصول إلى منابع النيل.
كانت السياسة الداخلية التركية قاسية جداً، إذ اعتمدت على القمع والجمع القسري للضرائب والجمارك الباهظة، بغض النظر عن قدرة المنتجين المحليين على الدفع. قاوم السودانيون النظام الجديد، وفي النهاية تفجر غضبهم إلى تمرّدٍ بقتل إسماعيل باشا وحراسه الشخصيين في شندي في بداية الغزو، وعلى سبيل المثال، ثورتهم بين عامي 1822-25، والمقاومة القبلية، وتمرّد الجنود الجهادية. مهدّت هذه الأحداث الطريق أمام الثورة المهدية في عام 1881.