حتى قبل النهاية الرسمية للحرب مع إيران، شن العراق هجوماً كبيراً لمكافحة تمرد الأكراد. فأثناء الحرب، نجحت الأحزاب الكردية المتمردة في السيطرة على أجزاء من كردستان العراق. وخلال هذا الهجوم (1987-1989)، تم إخلاء وهدم ثلاثة أرباع القرى الكردية وأكثر من عشرين مدينة متوسطة الحجم. وتمترحيل سكانها إلى “قرى حديثة”. وخلال عملية الأنفال في شباط/فبراير – أيلول/سبتمبر عام 1988 – إشارة إلى سورة في القرآن تتحدث عن غنيمة ممتلكات الكفار الذين هزموا في معركة – قتل النظام بشكل منهجي عشرات الآلاف من القرويين الأكراد. قدّرت منظمة حقوق الإنسان عددهم بـ 100,000 شخص، قتلوا ودفنوا في مقابر جماعية. بينما ادعى القادة الأكراد بأن عدد القتلى بلغ 180,000. (منذ سقوط نظام صدام حسين، تم العثور على مقابر جماعية عديدة في غرب العراق). بلغت المأساة ذروتها في هجوم بالغازات السامة في 6 آذار/مارس عام 1988 شنته قوات الجو العراقية على مدينة حلبجة الكردية، أسفر عن مقتل حوالي 5000 شخص وجرح الكثيرين.