لم يدم التحالف بين رحمة والوهابيين طويلاً. ففي عام 1812، أجبرت الجيوش المصرية الوهابيين على الخروج من الحجاز، واستغل الحاكم العماني سعيد بن سلطان السعيد الفرصة وطرد الوهابيين من قطر. ونتيجة لذلك، حوّل رحمة بن جابر ولاءه إلى عُمان. ورداً على ذلك، احتل آل خليفة والوهابيون خور الحسن، مما دفع رحمة إلى الاستيطان على ساحل الخليج الفارسي. ومن بوشهر استمر في مهاجمة السفن البحرينية. وفي عام 1826، وبعد أن أصابه الهرم والعمى وتحقق هزيمته النهائية، أقدم رحمة على تفجير نفسه مع ابنه البالغ من العمر ثمان سنوات خلال آخر معركة بحرية يائسة مع أعدائه اللدودين.
ثبت عدم قدرة الوهابيين والعمانيين على السيطرة على قطر. وبدلاً من ذلك، أصبحت قطر أرض معارك للتنافس السياسي ضمن عائلة آل خليفة البحرينية. ومن الناحية التكتيكية، عن طريق تغيير الولاء بين أفراد آل خليفة المتناحرين، تحدى عيسى بن طريف، من أبناء قبيلة آل بني علي القطرية، النفوذ البحريني من قاعدته في الدوحة. لكن بن طريف قُتل في معركة عام 1847. وفي أعقاب ذلك، طرد حاكم البحرين محمد بن خليفة آل بني علي من الدوحة. ثم أرسل محمد أخاه علي ليكون والياً على الدوحة، في محاولة منه لإحلال السلام في شبه الجزيرة القطرية.
كانت الفترة الأولى لحكم علي قصيرة الأجل. فما لبث أن هرب من الدوحة عام 1850 عند اجتياح القوات الوهابية السعودية لقطر من جديد. وبعد رحيل علي القسري، ضربت عشائر قطر تحالفاً مع السعوديين المحتلين، مما أتاح الفرصة للزعيم السعودي فيصل بن تركي لشن غزو على البحرين من قطر. وحده التدخل البريطاني (والتي أسس أسطولها ‘السلام البريطاني Pax Britannca’ في مياه الخليج لحماية طرقها التجارية إلى الهند) الذي منع الهجوم. وتم إبرام معاهدة سلام بين الأطراف المتحاربة، وعاد علي إلى الدوحة. لكن التهديد السعودي استمر، وفي عام 1861 توصلت بريطانيا وآل خليفة إلى اتفاق بينهما، تتعهد فيه بريطانيا بحماية البحرين والبلاد الخاضعة لها (أي قطر) من أي عدوان عليها من البحر، مقابل تعهد البحرين بالامتناع عن خوض الحروب البحرية.