بعد تولي الرئيس عبد ربه منصور هادي الحكم في شباط/ فبراير عام 2012، وتماشياً مع اتفاق دول مجلس التعاون الخليجي، تولت الحكومة الجديدة المهام التالية:
1. إعادة هيكلة الأجهزة الأمنية والعسكرية
2. معالجة مسائل العدالة الانتقالية
3. إجراء حوار وطني شامل
4. تمهيد الطريق لصياغة دستور جديد وإجراء انتخابات عامة عام 2014
سرعان ما اتضح أن حصانة الرئيس السابق علي عبد الله صالح وأفراد أسرته، فضلاً عن شبكة واسعة استطاع من خلالها الاحتفاظ بسلطة كبيرة، أعاقت الانتقال الحقيقي للسلطة. خلال عام 2012، علق الرئيس هادي، الذي ليس له قاعدة سلطة داخل الخدمات المدنية أو الأحزاب أو المنشأة العسكرية، بين فصيلين مسلحين: فصيل صالح وفصيل علي محسن الأحمر قائد الفرقة الأولى مدرعات – واللذين كانا منقسمين ضمن الجيش اليمني.
إلا أن الاحتجاجات المستمرة دفعت الرئيس هادي إلى إقالة عدد من كبار المقربين من صالح من مناصبهم في الجيش. تلا إقالة اثنين من قادة الجيش المقربين من صالح في نيسان/أبريل 2012 (قائد القوات الجوية اللواء محمد صالح الأحمر وقائد الحرس الجمهوري العميد محمد طارق عبد الله صالح)، إصدار مرسوم أكثر أهمية في كانون الأول/ ديسمبر. بناء على ذلك، أعاد هادي تنظيم الجيش في خمس وحدات (الجيش والقوات البحرية والقوات الجوية والقوات الحدودية وقوات الاحتياط الاستراتيجي)، وألغى الحرس الجمهوري (بقيادة أحمد صالح) والفرقة الأولى المدرعة (بقيادة علي محسن الأحمر). وتم استبدال قائد الأمن المركزي يحيى صالح، ابن شقيق صالح. وعلاوة على ذلك، أمر بتشكيل قوات عسكرية جديدة تحت سيطرته المباشرة: قوات الحماية الرئاسية. من خلال ذلك كله، يسعى هادي إلى توحيد الجيش والسيطرة المؤسساتية من قبل وزارة الدفاع بدلاً من قادة منفصلين.
أثناء إزالة أتباع صالح من المناصب الرفيعة، كان هناك خطوة هامة للحد من قوة معسكر صالح داخل الجيش. فكون حزب المؤتمر الشعبي العام الحزب الحاكم، احتفظ حزب صالح بسلطة كبيرة وراء الكواليس. أضر تشتت السلطة الحاصل بتأمين الأمن والخدمات والحلول للمشاكل الإنسانية الملحة.
فيما يتعلق بالأمن: رغم تصعيد هادي الهجوم ضد مسلحي منظمة القاعدة واستعادة السيطرة على أبين وشبوة في الجنوب، استمر الضغط المتراكم من قبل المسلحين، وذلك بشن هجمات على أهداف حكومية ومحاولات اغتيال في الجنوب وصنعاء. وتسببت الهجمات الأمريكية المتزايدة بطائرات دون طيار بالعديد من الإصابات في صفوف المدنيين. ووفق مجلة Long War، قامت أمريكا بـ 42 ضربة جوية في اليمن عام 2012، أسفرت عن مقتل 228 شخصاً، من بينهم نحو 35 مدنياً. وكان المجموع العام للضربات 64 ضربة، أسفرت عن مقتل 404 شخصاً، من بينهم 82 مدنياً. وأدت الهجمات إلى انتقادات متزايدة لدعم هادي للهجوم الأمريكي، في حين زادت المشاعر المعادية للولايات المتحدة.
بقي الوضع الإنساني حرجاً. وأدى عدم الاستقرار السياسي إلى ارتفاع أسعار السلع وزيادة البطالة. وجد برنامج الأغذية العالمي التابع للأمم المتحدة عام 2012 أن أكثر من 10 مليون شخص، 44,5٪ من السكان، يعانون من انعدام الأمن الغذائي، 5 ملايين منهم حالتهم مزمنة، وغير قادرين على إنتاج أو شراء الغذاء الذي يحتاجونه. يعتبر سوء التغذية لدى الأطفال من بين أعلى المعدلات في العالم، إذ أن هناك ما يقرب من نصف الأطفال دون سن الخامسة (مليونين) يعانون من سوء التغذية المزمن وتفاقم معدل الوفيات وارتفاع معدلات البطالة. ووفق مركز البحوث الاجتماعية والاقتصادية في صنعاء، بلغت نسبة البطالة 50٪.
كان من المقرر البدء بالحوار الوطني الهام لمستقبل اليمن، والذي كان يهدف إلى مناقشة قضايا رئيسية – أهمها الانتفاضة في الجنوب – في تشرين الثاني/ نوفمبر 2012. ومنذ ذلك الحين تم تأجيله عدة مرات. وكانت المشكلة الرئيسية إدراج ما يسمى بالأحزاب غير الموقعة – التي لم توقع على اتفاق دول مجلس التعاون الخليجي المذكور أعلاه. رفضت بعض فصائل الحراك الجنوبي الانضمام إلى المؤتمر. فقد اعتبروا اتفاق دول مجلس التعاون الخليجي شأنا شمالياً. ويعارض عدد من المجموعات الشبابية المستقلة – من بينهم شباب الثورة – طبيعة النخبة للاتفاق ويشعرون بالإهمال من قبل الأحزاب السياسية المعمول بها. وقد كان هؤلاء الشباب وراء الاحتجاجات، هاتفين ضد التسوية السياسية ومطالبين بخطوات لتجريد صالح من السلطة. ووافق المتمردون الحوثيون الشماليون، الذين رفضوا اتفاق دول مجلس التعاون الخليجي، على المشاركة في الحوار الوطني.
لاستياء النشطاء، أعلن حزب المؤتمر الشعبي العام الحاكم أن الرئيس السابق صالح سوف يرأس وفد المؤتمر الشعبي العام في هذا المؤتمر. ولم تكن قد تمت المصادقة على قانون العدالة الانتقالية، الذي كان يهدف إلى كشف انتهاكات ضد حقوق الإنسان منذ عام 1990. ورفض حزب المؤتمر الشعبي العام القانون، كونه لا يشمل فترة حكم الرئيس صالح من وجهة نظرهم.
في نيسان/أبريل 2013، أقال هادي أحمد، نجل صالح، من منصبه كقائد للحرس الجمهوري وعيّنه سفيراً في دولة الإمارات العربية المتحدة. كما عيّن هادي عمار صالح وطارق صالح، ابني أخي صالح اللذين خدموا في المخابرات والحرس الجمهوري، ملحقين عسكريين في ألمانيا وإثيوبيا. مع أن هذا كان تطوراً إيجابياً، إلا أن هيومن رايتس ووتش حذّرت في نيسان/أبريل من أن تعيين عسكريين سابقين في مناصب دبلوماسية في الخارج يمكن أن يجعلهما بمنأى عن الملاحقة القضائية، الأمر الذي من شأنه عرقلة التحقيق في دورهما في جرائم ضد اليمنيين.