لعبت مصر دوراً هاماً في الإمبراطورية الرومانية كمورِّد للحبوب. وفق التقليد المسيحي القبطي، بشّر القديس مرقس بالمسيحية في مصر في عهد الإمبراطور الروماني نيرو، حيث اعتنق العديد الدين الجديد الذي كان محظوراً قبل تأسيس كرسي الإسكندرية عام 61 م.
أدى انقسام الكنيسة في القرن الخامس الميلادي إلى ظهور طوائف متباينة من المسيحية؛ وعانت الكنيسة القبطية من اضطهاد شديد من قبل المسيحيين الروم. كان كرسي الاسكندرية على الدوام مستقلاً ومنفصلاً تماماً عن الفاتيكان في روما.