بحسب الحكومة المصرية، ثمة 300,000 سوري في مصر، منهم 136,000 فقط مسجلون لدى المفوضية السامية للأمم المتحدة لشؤون اللاجئين (اعتباراً من شهر نيسان/أبريل من العام 2014). ويقدر عدد اللاجئين الفلسطينيين من سوريا إلى مصر بخمسة إلى ستة آلاف وذلك بحسب وكالة الأمم المتحدة لإغاثة وتشغيل اللاجئين الفلسطينيين في الشرق الأدنى (الأونروا).وقد فرضت الحكومة المصرية قيوداً على دخول اللاجئين السوريين والفلسطينيين إلى مصر وتعين على السوريين الحصول على تصريحات أمنية قبل الدخول. ومُنح هؤلاء تأشيرة دخول لشهر واحد تخطاها الكثيرون بحسب ما أفاد به اللاجئون والمحامون لمنظمة هيومن رايت ووتش.
وعمدت السلطات المصرية في بادئ الأمر إلى ملاحقة الموقوفين المسافرين في السفن بتهمة الهجرة غير الشرعية ولكن المدعين العامين أسقطوا التهم عن 615 لاجئ على الأقل يمثلهم المركز المصري للحقوق الاقتصادية والاجتماعية وعن ما يزيد عن العشرين لاجئ وُثقت قضاياهم من قبل منظمة هيومن رايتس ووتش، وأمر بإطلاق سراحهم. ولكن الأمن الوطني-الذي حل محل الإدارة العامة لأمن الدولة، وهي تابعة لوزارة الداخلية- تجاهل أوامر إطلاق السراح ووجه أوامر إلى الشرطة بتوقيف اللاجئين، من دون أساس قانوني، وبإبلاغهم بأن سراحهم لن يُطلق إلا في حال غادروا البلاد على نفقتهم الخاصة. وشهدت الأسابيع الأخيرة مغادرة أعداد هائلة من اللاجئين المحتجزين بصورة يومية.
يعتبر وضع الفلسطينيين اللاجئين من سوريا حساساً للغاية نظراً إلى أن السياسة المصرية تحظر عليهم طلب حماية المفوضية السامية للأمم المتحدة لشؤون اللاجئين، وفي ذلك مخالفة لاختصاص المفوضية السامية بحسب الاتفاقية الخاصة بوضع اللاجئين. وتضع السلطات المصرية الفلسطينيين المعتقلين أمام خيار وحيد بدلاً من الاعتقال غير المحدود المدة، وهو الذهاب إلى لبنان حيث يُسمح لهم بالدخول قانونياً بموجب تأشيرة عبور تصدر في 48 ساعة، وإلا فالعودة إلى سوريا الغارقة في الحرب.
وقد حاول اللاجئون الذين يزيد عددهم عن 1500 والذين تم احتجازهم، المغادرة إلى أوروبا في سفن التهريب بعد ما عانوه من ظروف اقتصادية صعبة ومن كره الشعب المصري لهم. وتستمر القوى الأمنية في حملة التوقيفات بحسب المفوضية السامية للأمم المتحدة لشؤون اللاجئين. وأُرغم أكثر من 1200 لاجئ محتجز ومن بينهم حوالى 200 فلسطيني على المغادرة وعاد عدد منهم إلى سوريا. اعتباراً من 4 تشرين الثاني/نوفمبر من العام 2013، وقد بقي حوالى 300 شخص محتجزاً بطريقه تعسفيه في مراكز الشرطة المكتظة ومن بينهم 211 فلسطينياً. ووثقت منظمة هيومن رايتس ووتش حالات اعتقال أطفال بلغت أعمار بعضهم شهرين،يعيشون في ظروف بائسة من دون السماح لهم بالترفيه أو الخروج. وعلى الرغم من كون احتجاز الأطفال غير المصحوبين بذويهم محظراً، استمرت السلطات في احتجاز عشرة على الأٌقل من الأولاد غير المصحوبين بذويهم أو المنفصلين عنهم-بحسب المفوضية السامية للأمم المتحدة لشؤون اللاجئين.