بالإضافة إلى ذلك، حرضت حماس والجهاد الإسلامي على سلسلة من التفجيرات الانتحارية ضد أهداف مدنية في إسرائيل بعد عام 1994. وكان هذا بعد أن قام مستوطن إسرائيلي بقتل عدد من المصلين وإصابة كثيرين آخرين في الحرم الإبراهيمي في الخليل. ومع هذه الهجمات الانتحارية، وضعت حماس والجهاد الإسلامي عرفات ورفاقه في ورطة حرجة: طالبت إسرائيل والولايات المتحدة الأمريكية السلطة الوطنية الفلسطينية بتفكيك كلا المنظمتين، ولكن ذلك جلب خطر الحرب الأهلية. علاوة على ذلك، كان من شأن ذلك أن يسم السلطة الفلسطينية بوصمة عار على أنها عميلة لإسرائيل في القضايا الأمنية. ومع استمرار الاحتلال الإسرائيلي بلا هوادة – ولو بصورة مختلفة – اعتبر الكثير من الفلسطينيين المقاومة المسلحة على أن لها ما يبررها.
مع ذلك، تم اتخاذ تدابير قاسية ضد حماس والجهاد الإسلامي. ففي وقت سابق، جرى اعتقال أو ترهيب الإسلاميين وغيرهم من نقاد عملية أوسلو. والآن، تبعت ذلك حملة واسعة النطاق لاعتقال أعضاء ومؤيدي حماس والجهاد الإسلامي. وتعرض العديد من المعتقلين للتعذيب في سجون السلطة الوطنية الفلسطينية، مما أدى حتى إلى وفاتهم في بعض الحالات. وتم حظر المجلات والصحف الناقدة – وليس فقط تلك التي تحمل طابعاً إسلامياً – بشكل مؤقت أو دائم من النشر. وبالطبع، فقد مهّد ذلك الطريق لأن يراقب المرء تصرفاته وأعماله، وكان لذلك أثراً ترهيبياً بالتأكيد.