لم يكن الصراع بين مؤيدي ومعارضي الوحدة العربية ذا طبيعة إيديولوجية فقط. وإنما ظهرت من خلاله، على سبيل المثال، مخاوف الشيعة العرب والأكراد، الذين كانوا في وضعية التبعية السياسية في العراق ويخافون من سيطرة العرب السنّةبقوة أكبر على الدولة العربية الموحدة. ولهذا السبب جزئياً، دعم العديد من العرب الشيعة والأكراد الحزب الشيوعي العراقي الذي عارض القومية العربية بسبب طابعها المعادي للشيوعية.
ظهر دعاة الوحدة العربية في العراق بين العرب السنّة بشكل خاص. وفي آذار/مارس عام 1959، وصلت الأمور إلى نقطة الثورة في مدينة الموصل، بتنظيم من حزب البعث العربي الاشتراكي، والتي تم قمعها بشكل دموي من قبل الجيش بمساعدة الميليشيات الشيوعية. بعد ذلك بوقت قصير قام النظام الحاكم بحلّ الميليشيات الشيوعية خوفاً من النفوذ المتزايد للحزب الشيوعي العراقي.
بعد ذلك بعامين (1961)، أصبح النظام تحت ضغط القوميين الأكراد. فبعد تقديم تنازلات سابقة فيما يتعلق بعدم تحقيق تطلعاتهم الوطنية، عادت البشمركة الكردية إلى حمل السلاح بزعامة قائدهم المحبوب الملا مصطفى البارزاني الذي كان قد عاد من المنفى في وقت سابق. وفي فترة قصيرة، احتلوا المنطقة الكردية برمتها تقريباً، من زاخو إلى السليمانية. واستمر الصراع حتى شباط/فبراير عام 1964، عندما وقّع البارزاني وحكومة بغداد على اتفاق وقف إطلاق النار.